O Instituto de Nanotecnologias (IN) resulta de uma parceria entre o Instituto de Engenharia de Sistemas e Computadores – Microsistemas & Nanotecnologias (INESC-MN, unidade líder), o Centro de Química-Física Molecular (CQFM), do Instituto Superior Técnico da Universidade Técnica de Lisboa, e o Instituto de Física dos Materiais (IFIMUP), da Universidade do Porto. O IN foi criado em 2006.
